Экономколлегия ВС определила правила игры при покупке зданий без земельного участка

Суды решили, что договор аренды с правом выкупа не касался земли, поскольку при его заключении арендодатель еще не был собственником участка. Это не имеет значения, не согласилась экономколлегия ВС: на момент оплаты полной выкупной цены он уже стал таковым. К тому же такой вывод противоречит принципу единства судьбы здания и земли, указала «тройка». Юристы ее позицию разделяют.

5 марта 2009 года компания «Хозрасчетный участок производителя работ» (далее –- «Хозрасчетный участок»), будучи собственником пяти нежилых объектов недвижимости во Владивостоке, передала их в аренду с правом выкупа обществу «Восток-Авто-Бир» (далее – общество).

На момент заключения сделки земельный участок, на котором располагались объекты недвижимости, находился у «Хозрасчетного участка» на праве постоянного (бессрочного) пользования. И согласно условиям договора компания обязалась в течение срока аренды оформить на него право собственности и передать его «Восток-Авто-Бир», а после внесения последним полной выкупной стоимости за объекты недвижимости (20,8 млн руб.) – отправить в регистрирующий орган всю необходимую документацию для оформления права собственности арендатора.

Землю «Хозрасчетный участок» приобрел в 2012 году, однако обществу «Восток-Авто-Бир» ее не передал, а вместо этого предложил последнему внести изменения в договор аренды и включить в его предмет земельный участок, увеличив выкупную стоимость на 5,198 млн руб. (кадастровая стоимость земли по состоянию на март 2011-го). «Восток-Авто-Бир», в свою очередь, сославшись на полную оплату выкупной стоимости арендуемых объектов в соответствии с договором, попросил «Хозрасчетный участок» все же зарегистрировать за ним участок, а получив отказ, отправился в суд.

Там «Восток-Авто-Бир» требовал зарегистрировать переход к нему права собственности на помещения и землю (№ А51-27514/2013). «Хозрасчетный участок» же предъявил встречный иск – о взыскании с общества платы за фактическое пользование землей. Он указал, что общество участком пользуется, хотя условия об оплате в договоре аренды не было.

На втором круге апелляция удовлетворила иск «Восток-Авто-Бир» лишь в части госрегистрации перехода к нему права собственности на объекты недвижимости, но не на сам участок. На момент заключения договора «Хозрасчетный участок» не был его собственником и стороны не включили в размер выкупной цены стоимость земли, а значит, не указали все существенные условия передачи прав на нее, рассудила апелляция. Таким образом, по мнению судей, соглашение сторон о купле-продаже земельного участка, который арендатор обязался приобрести в будущем, является незаключенным. Встречные же требования «Хозрасчетного участка» не подлежат удовлетворению, сочла коллегия, поскольку объекты недвижимости были переданы в аренду вместе с земельным участком и плата за пользование земельным участком уже была включена в размер арендной платы.

При этом, обратила внимание апелляция, «Восток-Авто-Бир» после приобретения права собственности на объекты недвижимости будет вправе потребовать от «Хозрасчетного участка» заключить с ним договор купли-продажи земли по правилам статьи 445 Гражданского кодекса РФ [Заключение договора в обязательном порядке], поскольку «Хозрасчетный участок» по условиям договора аренды все же обязался передать обществу эту землю в собственность.

Окружной суд все выводы апелляции поддержал.

Земля и объекты не могут выступать в обороте раздельно

«Хозрасчетный участок» обратился с кассационной жалобой в Верховный суд РФ. И в результате экономическая коллегия (Ирина Грачева, Елена Золотова и Наталья Чучунова) отправила спор в части госрегистрации перехода к истцу права на нежилые здания и земельный участок на новое рассмотрение в суд первой инстанции.

Нижестоящие суды ошибочно сочли, что объекты недвижимости и земельный участок могут выступать в обороте раздельно и что можно зарегистрировать переход права собственности на помещения без земли, говорится в недавно опубликованном определении ВС. В обоснование этого экономколлегия сослалась на закрепленный в ст. 1 Земельного кодекса РФ принцип единства судьбы земельных участков и прочно связанных с ними объектов недвижимости.

Неважно, что на момент заключения договора «Хозрасчетный участок» не был собственником земли, – главное, что он стал им в период действия договора аренды и на момент полной оплаты выкупной цены, обращала внимание тройка ВС. Она указала, что это дает право «Восток-Авто-Биру» требовать от контрагента зарегистрировать переход права собственности на спорное имущество.

Кроме того, по мнению «тройки», не соответствует закону и указание нижестоящих судов на то, что «Восток-Авто-Бир» может в последующем обратиться с иском в суд об обязании ответчика заключить договор купли-продажи земли. «Возлагая на арендодателя обязанность обеспечить приобретение права собственности на земельный участок, стороны преследовали цель обеспечить возможность распоряжения арендодателем земельным участком, расположенным под объектами недвижимости, и перехода прав на него к арендатору», – поясняется в определении ВС.

Вывод судов о том, что изначально установленная договором выкупная стоимость не включала цену подлежащего передаче земельного участка, сделан с нарушением процессуального закона, указывала также «тройка». В частности, она сослалась на заявления «Восток-Авто-Бир» о том, что арендованные помещения на момент заключения договора находились в аварийном состоянии и их стоимость была значительно ниже 20,2 млн руб. Как резюмируется в определении ВС, суды не установили действительную волю сторон, касающуюся выкупной цены спорных объектов.

Мнение экспертов

Юристы подход экономколлегии ВС полностью разделяют. Недопустимо регистрировать переход права собственности на здания отдельно от земельного участка в ситуации, когда продавец является собственником и того и другого, комментирует спор Виталий Можаровский, партнер практики «Недвижимость и строительство» Goltsblat BLP.: «Иначе, действительно, будет прямое нарушение принципа единства правовой судьбы зданий и занятого ими участка». ВС правильно истолковал положения договора, установив волю сторон на передачу в собственность арендатора в будущем не только строений, но и занимаемого ими земельного участка, согласен и партнер Адвокатского бюро «Бобров, Толстов и партнеры» Алексей Толстов.

Фактически, по словам Толстова, спор между сторонами возник о том, входит ли в изначально согласованную выкупную цену стоимость земельного участка. Если бы в момент заключения договора, предусматривающего выкуп, земля была бы уже в собственности отчуждателя, ответ был бы безусловно положительным – «да, входит», рассуждает Александр Латыев, партнер ИНТЕЛЛЕКТ-С. Однако, поскольку на момент заключения сделки собственником земли он еще не был, судам действительно следует дать ответ на этот вопрос, истолковав условия заключенного сторонами договора и исследовав все их взаимные отношения, указывает Латыев: была ли регистрация права собственности за арендодателем его собственной инициативой или она была совершена во исполнение того же самого договора?

pravo.ru

Налоги ООО при сдаче в аренду коммерческой и жилой недвижимости

Здравствуйте. Интересует налог на имущество для ООО на УСН.

Мы ООО. Планируем заниматься сдачей в аренду коммерческой недвижимости, которой владеем. Находимся на системе УСН 6%.

Разъясните кратко в целом, какие налоги на имущество платит ООО при сдаче в аренду недвижимости.

1. Читал, что ИП не платит налог на собственность при сдаче этой собственности, а платит допустим 6% от дохода, и в эти 6% уже включен налог на сдаваемую собственность. Имеет ли ООО возможность не платить налог на здание и земельный участок, на котором расположено здание..

2. Если ответ на подвопрос №1 = Да, то:

если мы переходим на УСН 15%, и полностью забиваем статью расходов (например кредитами, ремонтными работами), так чтобы платить только 1% от дохода, сохраняется ли право не платить налог на собственность (здание и землю)??

3. Какие возникают налоги ООО при продаже недвижимости, если: 3.1 просто продается

3.2 планируется покупка более дорогой недвижимости.

Ответы юристов (7)

«Налог на собственность» в данном случае состоит из двух независимых налогов

1. налог на имущество (здание) организаций (если собственник ООО), согласно главе 30 НК РФ ИЛИ налог на имущество (здание) физического лица, согласно Закона РФ от 09.12.1991 N 2003-1(ред. от 29.06.2012)«О налогах на имущество физических лиц»

2. земельный налог согласно главе 31 НК РФ

» Применение упрощенной системы налогообложения индивидуальными предпринимателями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате налога на доходы физических лиц (в отношении доходов, полученных от предпринимательской деятельности, за исключением налога, уплачиваемого с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 2, 4 и 5 статьи 224 настоящего Кодекса), налога на имущество физических лиц (в отношении имущества, используемого для предпринимательской деятельности).»

согласно ст 346.11 Налогового кодекса.

То есть как поясняется в письме ФНС от 4.08.2010 N ШС-17-3/847

пунктом 3 статьи 346.11 Кодекса установлено, что применение индивидуальными предпринимателями упрощенной системы налогообложения предусматривает их освобождение от обязанности по уплате ряда налогов, в том числе налога на имущество физических лиц в отношении имущества, используемого для предпринимательской деятельности.Таким образом, индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения и являющиеся собственниками имущества, используемого для осуществления своей предпринимательской деятельности, не являются плательщиками налога на имущество физических лиц (в отношении такого имущества). В отношении иного имущества указанные индивидуальные предприниматели признаются плательщиками налога на имущество физических лиц на общих основаниях.Исходя из совокупности положений Кодекса и Закона N 2003-1 для подтверждения права на освобождение от уплаты налога на имущество физических лиц индивидуальные предприниматели подают в налоговые органы заявление в произвольной форме об освобождении от уплаты данного налога в отношении указываемых в заявлении объектов недвижимости.Кроме того, необходимо представить в налоговые органы документы, подтверждающие факт использования объектов недвижимости для осуществления предпринимательской деятельности.

Есть вопрос к юристу?

По земельному налогу платежи ИП и организации при работе на УСН платят на общих основаниях (ст. 388 НК). Единственное послабление — декларации следует подавать не раз в квартал, а по итогам года.

Что касается налога на имущество организаций, то от него освобождаются только организации, находящиеся на ЕНВД (cv главу 26.3 НК), и только в отношении имущества, используемого в рамках ЕНВД. В отношении прочего имущества организации уплачивают имущественный налог по общим правилам( п. 4 ст. 346.26)

При этом налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения (п. 7 ст. 346.26 Кодекса).

Налоговая ставка по налогу на имущество организаций устанавливается законодательством субъектов и не может превышать 2,2%. (ст. 380 НК), может быть дифференцированной.

Налоговая ставка по налогу на имущество физических лиц устанавливается нормативными актами представительных органов местного самоуправления в сответствии со ст. 3 Закона о налоге на имущество физических лиц. Ставка дифференцированная, не превышает 2 % инвентаризационной стоимости, объектом налогообложения является 1) жилой дом;2) квартира;3) комната;4) дача;5) гараж;6) иное строение, помещение и сооружение; или доля в праве на это имущество.

Налоговая ставка по земельному налогу устанавливается также представительными органами муниципальных образований, в зависимости от категории земельного участка не может превышать 0,3 или 1,5% от кадастровой стоимости земельного участка. (ст 391, 394 НК)

При продаже имущества организация, находящаяся на УСН уплачивает налог на сумму дохода соответственно своему налоговому режиму и налоговой ставке. В вашем случае — 6%.

Что касается налоговых ставок в отношении доходов, полученных от продажи имущества физического лица, являющегося предпринимателем, то ставка зависит от того, используется данное имущество в предпринимательской деятельности или нет.

Если используется, то ставка соответственно форме УСН данного ИП.

Если не используется, то 13% НДФЛ для резидентов и 30% для нерезидентов, но при нахождении данного имущества в собственности более 3х лет НДФЛ не облагается (то есть налог не платится вообще).

При исчислении налога можно учесть расходы, произведенные на приобретение данной недвижимости ранее.

Также физическое лицо для целей уплаты НДФЛ имеет право воспользоваться налоговыми вычетами

В размере не более 1 млн рублей при каждой продаже недвижимого имущества

В размере стоимости имущества, но не более 2 млн. рублей единоразово (раз в жизни), если приобретает недвижимое имущество.

Оба вычета предусмотрены частью 1 статьи 220 НК и касаются в основном жилого недвижимого имущества, то есть имеются ограничения по назначению имущества, в отношении которого применяются данные вычеты.

Еще раз акцентирую, что НДФЛ и соответственно вычеты по НДФЛ применяются только в отношении имущества, не используемого в предпринимательской деятельности.

При сдаче в аренду недвижимости ООО на УСН 6% платит налог с дохода в размере 6%, как и с дохода от любой другой реализации товаров и услуг. В данном случае это услуга, и ничем особенным для целей налогообложения она не отличается.

НДС организация на УСН не начисляет и не платит. Но если в счете фактуре выставите сумму с выделением НДС, то обязаны будете ее уплатить согласно пункта 5 статьи 173 НК.

Это если коротко. Для подробного ответа необходимо анализировать местное законодательство (по субъекту и муниципальному образованию) по налогам и сборам.

Пропустила. Дополню и исправлю к второму блоку ответа.

Не только организации на ЕНВД.

Касательно налога на имущество организаций, находящихся на УСН

2. Применение упрощенной системы налогообложения организациями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате налога на прибыль организаций (за исключением налога, уплачиваемого с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 3 и 4 статьи 284 настоящего Кодекса), налога на имущество организаций. (ст. 346.11 НК)

То есть вне зависимости от УСН 6% ИЛИ УСН 15% ООО на УСН налог на имущество не платит.

При этом земельный налог ООО платит по прежнему (только декларацию сдает раз в год).

ВАЖНО: При продаже недвижимости, приобретенной при использовании УСН 6%, будете вынуждены платить 6% от дохода с продажи, что невыгодно. Даже если перейдете на УСН 15%, это не решит проблему, т.к. расходы на приобретение имущества при использовании УСН 6% не учитывались, вследствие чего ваших расходов на приобретение этой недвижимости в налоговых целях не существует.

Таким образом, чтобы выгоднее продать имущество, придется ликвидировать организацию, распределить имущество между участниками и потом продать от имени ФЛ. Имеет смысл только, если планируете ждать 3 года с момента приобретения физ. лицами этого имущества в собственность (в противном случае, будете вынуждены платить 13% НДФЛ от стоимости продажи, что еще менее выгодно, чем просто продать на УСН).

Если обладаете сроком ожидания в 3 года, можно вывести недвижимость на ФЛ, зарегистрировать ИП, и сдавать в аренду ООО от имени ИП, которое будет сдавать имущество третьим лицам в субаренду.

Вариант: Если недвижимость внесена в уставный капитал организации учредителем, то при ее последующей продаже (после ликвидации ООО) он имеет право учесть свои расходы на ее приобретение. Если они сопоставимы с доходом от продажи, можно не ждать 3 года.

Если имущество будет использоваться в предпринимательской деятельности ИП, то в год использования его с налогообложением по НДФЛ (То есть вычетом) точно продать нельзя, если не прекращена деятельность ИП. Если использование прекратилось в предыдущем периоде, то прекращать деятельность ИП не всегда необходимо, но ФНС может насчитать и по ставке УСН, придется судиться. Решения неоднозначные.

Ищете ответ?
Спросить юриста проще!

Задайте вопрос нашим юристам — это намного быстрее, чем искать решение.

m.pravoved.ru

Налог с продажи недвижимости

Добрый день! Вопрос о налоге с продажи недвижимости. Необходимо продать земельный участок и находящийся не нем жилой дом (2 свидетельства). В собственности менее трех лет. Стоимость 2900000 р.

1.Как составить договор купли-продажи для минимизации налоговой базы? Составлять два договора или один с указанием стоимости обоих объектов отдельно?

2.Вычет 1000000 применяется в данном случае к обоим объектам или к одному?

3.Можно ли продавать отдельно в разные налоговые периоды? Например, в декабре 2013 землю, в январе 2014 дом?

Ответы юристов (13)

Уважаемый Максим Александрович.

согласност.220 Налогового кодекса РФ

При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов:

1) в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от
продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые
помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в
указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика
менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей.

Вместо использования права на получение имущественного налогового
вычета, предусмотренного настоящим подпунктом, налогоплательщик вправе
уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически
произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с
получением этих доходов,

Налоговый вычет применяется к сумме полученной в налоговом периоде.
Вы самостоятельно решаете, что Вам выгоднее вычет в размере 1 000 000 руб. или вычет на сумму расходов на приобретение участка и дома. Иногда второй вариант бывает выгоднее.
Если Вам выгоднее по первому варианту, то, Вы правы, выгоднее продать дом и участок в разных налоговых периодах. Это не запрещено законом.

Уточнение клиента

То есть, если я куплю новую квартиру в этот же налоговый период на сумму 2900000, то мне не нужно будет платить налог?

21 Ноября 2013, 19:05

Здравствуйте, Максим Александрович!

Отвечу сразу на последний вопрос.Продавать отдельно в разные налоговые периоды нельзя. Это связано с тем, что земля и находящиеся на ней строения капитального типа, неразрывно связаны и земельный участок следует судьбе строения (п. 5 ст. 1 Земельного кодекса РФ).

Договор должен быть составлен один: на куплю — продажу жилого дома с земельным участком категории земель поселений для содержания и разведения скота и птицы.

Есть вариант, поскольку недвижимость находится в собственности менее трех лет: в договоре купли-продажи указать цену менее 1 000 000 рублей, скажет 980 000 руб., а фактически получить от продажи дома и земельного участка 2900 000 руб. В этом случае есть некоторый риск, что налоговые органы, куда Вы должны будете передать копию договора купли-продажи после регистрации сделки, могут проверить реальную стоимость дома и земли, что в практике бывает крайне редко.

По цене дома ориентируйтесь на цену, указанную в техническом паспорте БТИ. Там наверняка стоит цена значительно ниже, чем та, по которой хотите продать. И еще (очень важно!), чтобы покупатель согласился с тем условием, чтобы в договоре была указана цена менее 1 000 000 руб. и в случае чего, подтвердил, что недвижимость купил именно по этой цене. В этом случае опровергнуть цифру, указанную в договоре, просто невозможно. Собственник вправе определить цену своего имущества сам по своему усмотрению.

Просьба давать ответы без махинаций с законодательством. Цена в договоре должна быть реальной.

21 Ноября 2013, 19:09

То есть, если я куплю новую квартиру в этот же налоговый период на сумму 2900000, то мне не нужно будет платить налог?

согласно той же ст.220 НК РФ

Общий размер имущественного налогового вычета, по подпункту 2) не может превышать 2 000 000 рублей без учета
сумм, направленных на погашение процентов.

При этом если такой вычет ранее предоставлялся, то он не предоставляется.

в любом случае, можно и нужно просчитать варианты с ценами и вычетами в целях минимизации налогообложения.

Здравствуйте Максим Александрович!

То есть, если я куплю новую квартиру в этот же налоговый период на сумму 2900000, то мне не нужно будет платить налог?

В соответствии с пп. 2 п.1 ст.220 Налогового Кодекса РФ:

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов:
2) в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов: на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, земельных участков, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков, на которых расположены приобретаемые жилые дома, или доли (долей) в них;

Общий размер имущественного налогового вычета, предусмотренного настоящим подпунктом, не может превышать 2 000 000 рублей без учета сумм, направленных на погашение процентов.

Таким образом, если Вы продаете участок и дом, то получаете налоговый вычет на 1000000 рублей, если покупаете квартиру, то получаете налоговый вычет 2000000 рублей. Вся сумма вычетов 3000000 рублей, налог оплачивать не придется.

У меня еще есть ипотечная квартира, по ней я уже делал вычет на 2000000, мне уже вернули 90000. Как посчитать теперь налог?

21 Ноября 2013, 19:29

«выгоднее продать дом и участок в разных налоговых периодах. Это не запрещено законом\\»,

пишет мой коллега. В этой связи приведу нормы законов.

Земельный кодекс(ст. 1 ЗК РФ) и изданные в соответствии с ним иные акты земельного законодательства основываются на следующих принципах:

5) единство судьбы земельных участков и прочно связанных с ним объектов, согласно которому все прочно связанные с земельным участком объекты следуют судьбе земельных участков\».

В соответствии со ст. 552 ГК РФ \\\\«По договору купли-продажи здания, сооружения или другой недвижимости покупателю одновременно с передачей права собственности на такую недвижимость передаются права на земельный участок, занятый такой недвижимостью и необходимой для ее использования\\\\».

Я процитировал две нормы из разных отраслей права, чтобы не было у Вас иллюзий относительно возможности продать землю и дом в разное время. Во всяком случае, та часть земельного участка, которая занята дом домом и вокруг дома для обслуживания дома никак отдельно продать нельзя, если не разделить земельный участок на две части. Это, я думаю, Вы делать не станете, поскольку сам процесс крайне проблематичен.

У меня еще есть ипотечная квартира, по ней я уже делал вычет на 2000000, мне уже вернули 90000. Как посчитать теперь налог?

Если Вы тот вычет не использовали полностью, то отнимите от 3000000 рублей 90000 рублей, получится 2910000 рублей. Т.е. покрывает сумму полученную от продажи дома и участка.

Налоговый период в этом случае играет роль? Только я не совсем понимаю почему с 2000000 налог возвращают с покупки, а 1000000 нужно вычесть из продажи

21 Ноября 2013, 19:42

\«Просьба давать ответы без махинаций с законодательством. Цена в договоре должна быть реальной\».

Согласен с Вами полностью. Однако, я исходил из Вашей же просьбы: \«Как составить договор купли-продажи для минимизации налоговой базы\».

Пытаться обойти нормы права — это не порядочно и чревато наказанием. Но составлять два договора (на дом и на земельный участок) или один с указанием стоимости объектов отдельно ничего не изменит, поскольку один или оба договора Вы обязаны будет сдать в налоговый орган после регистрации сделки и там будут эти суммы рассматривать не отдельно, а в совокупности. Попробуйте следовать советам коллеги Винокурова. Но надо иметь в виду, что поскольку Вы уже пользовались правом на налоговый вычет, то повторно воспользоваться эти правом будет нельзя.

У меня еще есть ипотечная квартира, по ней я уже делал вычет на 2000000, мне уже вернули 90000. Как посчитать теперь налог?

Уважаемый Максим Александрович

Похоже, что Вам уже один был предоставлен вычет. И Вы его использовали не полностью. Тем проще. На 2 000 000 — 90 000 = 1 910 000 рублей дохода полученного от продажи Вы можете его использовать.

В отношении раздельной продажи.

На дом и на участок два разных свидетельства о праве собственности. Никто не запрещает продать сначала дом, а потом участок. Вообще это два разных объекта и, по сути в реестре прав купля-продажа отражается как две разных сделки идущих одна за другой. какой период времени должен быть меду ними закон не устанавливает.

ст. 552 ГК РФ говорит про земельный
участок, занятый недвижимостью и необходимой для ее
использования. Такой земельный участок отдельно никогда не продается. А тот, который продается, к этой статье не имеет никакого отношения. И может быть продан отдельно от дома. И нет тут никаких иллюзий.

Налоговый период в этом случае играет роль? Только я не совсем понимаю почему с 2000000 налог возвращают с покупки, а 1000000 нужно вычесть из продажи

Нет не играет. Налоговый вычет (неиспользованный) можно перенести на другой налоговый период.

А что тут не понятного? Вам процитировали ст 220 Налогового Кодекса, 1000000 предоставляется при продаже жилья, которое в собственности менее 3 лет, а 2000000 при покупке жилья. Все просто.

Только я не совсем понимаю
почему с 2000000 налог возвращают с покупки, а 1000000 нужно вычесть из
продажи.

Потому что это по сути два разных налоговых вычета один по подпункту 1 пункта 1, ст. 220 НК РФ, а другой по подпункту 2 того же пункта. Хотя и оба имущественные.

Просто такие правила. Искать в них какую то логику бесполезно. Так решил законодатель.

Налоговый период в этом случае играет роль?

Для первого вычета по пп.1. п.1 — налоговый период имеет значение, а для второго — вычет можно перенести на следующие периоды.